- 东北与东北亚研究院
- 数控装备可靠性教育部重点实验室
- 器官再造与移植教育部重点实验室
- 吉林省光谱分析仪器工程技术研究中心
- 国际关系研究所
- 组合化学与创新药物研究中心
- 地球信息探测仪器教育部重点实验室
- 东北亚国际地学研究与教学中心
- 创新创业研究院
- 东北振兴发展研究院
- 新兴交叉学科学部
- 符号计算与知识工程教育部重点实验室
- 综合信息矿产预测研究所
- 东北亚研究中心
- 农业农村法治研究院
- 人民政协理论研究中心
- 东北抗联研究中心
- 出土文献与中国古代文明研究协同创新中心
- 劳动关系研究院
- 超分子化学生物学研究中心
- 工程仿生国际科技合作基地
- 国家发展与安全研究院
- 再生医学科学研究所
- 超塑性与塑性研究所
- 辊锻工艺研究所
- 原子与分子物理研究所
- 理论法学研究中心
- 纳微构筑化学国际合作联合实验室
- 新型电池物理与技术教育部重点实验室
- 超硬材料国家重点实验室
- 中国外交理论与实践协同创新中心
- 中俄区域合作研究中心
- 中国道路与中国化马克思主义协同创新中心
- 中国特色社会主义理论体系研究中心
- 廉政研究院
- 智慧海洋研究中心
- 人兽共患病研究教育部重点实验室
- 前列腺疾病防治研究中心
- 病理生物学教育部重点实验室
- 智能仪器与测控技术研究所
- 国家地球物理探测仪器工程技术研究中心
- 新能源与环境研究院
- 地下水资源与环境教育部重点实验室
- “国家潜在油气资源（油页岩勘探开发利用）”产学研用合作创新基地
- 水资源与环境研究所
- 计算机科学技术研究所
- 高性能计算中心
- 集成光电子学国家重点实验室
- 仿生科学与工程研究院
- 吉林省地面机械仿生技术与仿生功能材料中试基地
- 农业机械工程研究院
- 工程仿生国家地方联合工程实验室
- 汽车运输工程研究所
- 汽车研究院
- 航空航天工程研究院
- 哲学基础理论研究中心
- 历史研究院
- 社会公正与政府治理研究中心
- 司法文明协同创新中心
- 习近平法治思想研究中心（全面依法治国研究中心）
- 中日经济共同研究中心
- 高句丽渤海研究中心
- 中国古文字研究中心
- 智能制造研究院
- 健康研究院
- 东北亚生物演化与环境教育部重点实验室
- 数量经济研究中心
- 中国文化研究所
- 公民道德与社会风尚协同创新中心
- 人兽共患病研究所
- 工程仿生教育部重点实验室
- 无机合成与制备化学国家重点实验室
- 特种工程塑料教育部工程研究中心
- 中国国有经济研究中心
- 高等教育研究所
- 艾滋病疫苗国家工程实验室
- 理论物理研究中心
- 未来科学国际合作联合实验室
- 新农村发展研究院
- 吉林大学-佐治亚理工学院理论科学联合研究院
- 南方研究院（深圳研究院）
- 古生物学与地层学研究中心
- 汽车材料教育部重点实验室
- 分子酶学工程教育部重点实验室
- 超分子结构与材料国家重点实验室
- 汽车仿真与控制国家重点实验室
- 实验动物中心
- 数学研究所
- 链传动研究所
- 理论化学研究所
- 古籍研究所
- 边疆考古研究中心